Das Freibadbachl - im oberen Stück Aubach, ist ein kleiner Seitenarm des Auer Mühlbaches, aus dem es im Tierpark abzweigt. Nach dem renaturierten Teil in der Isarau entlang der Schönstrasse durchfliesst es den Entenweiher und wird nach weiterem unterirdischem Verlauf oberhalb des Deutschen Museums in die Isar eingeleitet. Das Freibadbachl wird im Rahmen der Bachauskehr von uns elektrisch befischt und das Gewässer zur Aufzucht von Bachforellen, Barben, Nasen, Äschen und anderer Arten genutzt.

Der Auer Mühlbach, ein über 1000 Jahre alter, künstlich angelegter Nebenarm der Isar, beginnt am Marienklausenwehr und wird heute aus dem Werkanal abgeleitet. Etwa 7 km isarabwärts mündet er in die Isar. Der Auer Mühlbach wird von den Isarfischern seit Jahrzehnten als Aufzuchtgewässer genutzt und von vielen Fischen seit Jahrhunderten wohl auch.

Der vom Werkanal gespeiste See wird als Karpfenaufzuchtgewässer genutzt.

Der leider unnötigerweise völlig strukturlose Westermühlbach beginnt am Ende des Werkkanales beim "Röcklschuss" an der Wittelsbacherstrasse und fliesst überwiegend oberirdisch bis zur Pestalozzistrasse, wo er in den unterirdisch verlaufenden Glockenbach mündet. Der Westermühlbach wird von den Isarfischern als Aufzuchtgewässer genutzt und unterliegt jährlichen Bachauskehrterminen mit einhergehenden Abfischungen.